История кафедры агрокономики начинается с 1954 г., когда в результате разделения кафедры экономики и планирования народного хозяйства появились две самостоятельные кафедры - экономики сельского хозяйства и экономики промышленности. Первым руководителем кафедры экономики сельского хозяйства стал декан факультета проф. М.М.Соколов.
Научная работа кафедры в 50-60-е годы проводилась в трех направлениях: исследование проблем цен и ценообразования на сельскохозяйственную продукцию, разработка производственных типов сельскохозяйственных предприятий и вопросы совершенствования материального стимулирования в сельском хозяйстве. На кафедре разрабатывалась методика производственной типизации сельскохозяйственных предприятий. В тесном сотрудничестве с географическим и другими факультетами МГУ, а впоследствии с многочисленными вузами страны, осуществлялись исследования по теме: природное и экономическое районирование для сельского хозяйства. С начала 60-х гг. все большее значение придавалось разработке проблем ценообразования на сельскохозяйственную продукцию.
Позднее, в 1971 г. заведующим кафедрой стал А.М.Емельянов, который руководил кафедрой до 1997 года. Этот период был ознаменован разработкой университетской программы курса "Экономика сельского хозяйства" взамен общего для университета и сельскохозяйственных вузов. Данная программа совершенствовала методы проведения семинарских занятий, повышала творческий характер тематики курсовых и дипломных работ, вводила систему спецкурсов, расширяла применение технических средств обучения: учебных фильмов, вычислительной техники, наглядных пособий и т.д.
С 1976 г. по инициативе студентов С.В.Киселева и Н.Т.Хожаинова начал функционировать научный студенческий кружок по проблемам аграрной экономики, в работе которого участвовали 25-30 студентов, в том числе и других вузов - МФИ, МЭСИ и МСХА. Стала ежегодно проводиться студенческая научная конференция и предметная олимпиада.
В 1978 г. установились творческие контакты аспирантов кафедры с молодыми учеными ВНИЭСХа. Регулярными стали совместные научные конференции, семинары, подготовка и выпуск научных сборников, организация "круглых столов".
В 70-е-80-е гг. кафедра являлась главным учебно-методическим центром по подготовке учебных пособий для системы экономического образования. Преподаватели читали лекции в учебных заведениях, НИИ, на факультете и в институте повышения квалификации при МГУ, проводили консультации, рецензировали работы, регулярно обновляли методические указания по основному курсу для других государственных университетов.
В 1976 г. сотрудники кафедры приняли участие в международном географическом конгрессе. В 1979 г. под ред. А.М.Емельянова вышла совместная монография ученых стран-членов СЭВ "Аграрная политика социалистических стран на современном этапе".
В 1988г. была опубликована совместная монография "Хозяйственный механизм в сельском хозяйстве социалистических стран", подготовленная в рамках международного экономического сотрудничества с университетами: Варшавским, Карловым (Прага), Софийским и Берлинским.
В 70-е годы кафедрой было проведено исследование по совершенствованию структуры мясного баланса страны, и отработана модель специализированных сельскохозяйственных предприятий по производству мяса на собственных и покупных кормах. С.И. Половенко и П.А.Кудинов разработали экономическое обоснование оптимальных сроков строительства и освоения совхозов на орошаемых массивах Казахстана, а вместе с Л.А.Мальевым – совершенствование внутрихозяйственной специализации и межхозяйственной кооперации хозяйств на рисовых и хлопковых массивах орошения.
В 80-е годы для г. Москвы была разработана схема круглогодичного обеспечения плодоовощной продукцией. Разрабатывались принципы функционирования, оптимальные пропорции и приоритеты развития региональных агропромышленных комплексов, а также экономические взаимоотношения между сельскохозяйственными производителями и другими предприятиями. Стал читаться раздел "Сельское хозяйство" в рамках обязательного спецкурса "Техника и технология основных отраслей народного хозяйства". Все преподаватели кафедры читают спецкурсы по выбору студентов.
В 1988-1990 гг. на кафедре последовательно читались два основных курса "Экономика сельского хозяйства" и "Экономика сельскохозяйственных предприятий". В 1990-1991 гг. кафедра снова возвратилась к преподаванию одного основного курса "Экономика сельского хозяйства и АПК".
В начале 90-х годов кафедра сконцентрировала свои научные усилия на разработке условий и механизма формирования рыночных отношений в аграрном секторе России.
Так, в 1989 г. при кафедре под руководством Н.С.Харитонова был создан научно-внедренческий центр "Село" помогавший организации фермерских хозяйств, реорганизации существующих колхозов и совхозов в ассоциации малых сельскохозяйственных кооперативов и фермерских хозяйств и развивавший внутрихозяйственную аренду как начальный этап на пути дальнейшего преобразования крупных хозяйств. При участии центра и преподавателей кафедры создавались первые фермерские хозяйства в Ярославской, Калининской и Смоленской областях на основе тесной кооперации с колхозами и совхозами. Кафедра выступила одним из активных организаторов Ассоциации крестьянских хозяйств и сельскохозяйственных кооперативов России (АККОР). Коллектив кафедры разработал первый вариант Закона РСФСР "О крестьянском (фермерском) хозяйстве", который был принят в декабре 1990 г.
Академик А.М.Емельянов, являясь народным депутатом СССР, затем позднее депутатом Государственной Думы РФ, а также действительным членом ВАСХНИЛ участвовал в разработке важнейших государственных законов и постановлений по проведению рыночных аграрных преобразований в стране.
В 1992 г. кафедра обрела новое название - "Кафедра Агроэкономики". На кафедре разработан новый основной учебный курс "Экономика аграрного сектора". Курс конкретизировал вопросы общей экономической теории и раскрывал специфику сельскохозяйственного производства и аграрного предпринимательства, особенности развития рыночных отношений, формирования доходов и финансовых источников развития в аграрном секторе.
В 1994 г. С.В.Киселевым защищена диссертация на соискание ученой степени доктора экономических наук по теме “Государственное регулирование сельского хозяйства в условиях переходной экономики”. В 1997 году заведующим кафедрой стал профессор, д.э.н. С.В. Киселев
Основные направления научных исследований кафедры - формирование рыночных отношений в аграрном секторе России; государственное и рыночное регулирование аграрного сектора России. На кафедре ведутся исследования моделей и механизма государственного регулирования аграрного сектора, взаимодействия различных экономических укладов в сельском хозяйстве, особенностей формирования и функционирования рынка земли и недвижимости, механизма развития фермерской кооперации, структурных изменений и конъюнктуры продовольственного рынка и других аграрных проблем.
В настоящее время кафедра активно участвует в изучении вопросов присоединения России к Всемирной торговой организации, в частности, доступа на рынок, внутренней поддержки сельского хозяйства.
Кафедра участвует в разработке важнейших законодательных актов по развитию рыночных отношений в аграрном секторе экономики России. Разрабатываются актуальные практические проблемы: бизнес-план для фермерских хозяйств, модель фермерской кооперации, принципы и пути структурной реформы аграрного сектора региона и предложения по взаимоотношениям сельскохозяйственных и перерабатывающих предприятий в рыночных условиях.
Кафедра восстанавливает и развивает международное научное сотрудничество. В частности, укрепляется сотрудничество с учеными-аграрниками Казахстана, Университета штата Висконсин (США), Университета Франкфурта-на-Майне (ФРГ), Института аграрных проблем стран Центральной и Восточной Европы (Галле, ФРГ). С.В. Киселев является членом Европейской и Международной ассоциации экономистов-аграрников.